애니메이션 ( Animations) 이 CSS3 속성에 있습니다. 아직 완변한 문서와 기술들이 표준화 되지 않아서 많이 사용은 안하지만 영어권에서는 곧잘 사용합니다.

재미있게도 opera.dev 에서 둘이 테스트를 해봤습니다.

애니메이션 효과를 줬을때 CSS3 가 나은지? Jquery 가 나은지를....


결과부터 말한다면 CSS3 의 한쪽 승입니다.
속도와 코드분량으로 봐서는 당연 CSS3의 승입니다. 하지만 우리에게는 익스플로러라는 큰 벽이 있습니다.
ie8을 공식 지원하지 않겠다라는 기분 좋은 소식도 있지만......

여하튼 CSS3는 익스플로러가 현재 지원하지 않습니다. 그래서 익스를 포함한 브라우져에 애니메이션 효과를 적용하려면 Jquery 를 사용해야만 합니다. 

얼마만큼의 성능차이가 있는지?
스샷까지 첨부하면서 테스트를 해봤씁니다. 한번씩 읽어보시기 바랍니다.

여기에 나온 결과를 본다면 대략 아래와 같습니다.
CSS3
애니메이션을 완료하기 위해 수행된 작업의 수 : 100
애니메이션을 실행 완료 찍은 시간 : 2.9 초
애니메이션의 끝에서 소비된 메모리 : 1.5 메가바이트

JQuery
애니메이션을 완료하기 위해 수행된 작업 수 : 2119
애니메이션을 실행 완료 찍은 시간 : 5초
애니메이션의 끝에서 소비된 메모리 : 6메가바이트

http://dev.opera.com/articles/view/css3-vs-jquery-animations/