너무 성급했나요? 문제를 해결하려 하지 않고 덤으로 얻은 지식으로 해결하려하다보니 실수가 있었습니다. 미안합니다.

16버젼에서 검색이 ie 에서만 안되는것은 일종의 버그인것 같습니다.
사이드바에서는 div 안에 넣어도 검색이 됐지만 다른 부분에 있으면 안되는걸 알았습니다.

일단 해결 방법은 이렇습니다.
16버젼에서 html 을 보면 아래와 같습니다.
 
!! 치환자의 경우 ##_치환자_## 는 #\#_치환자_## 로 표시됩니다.!!
<div id="header">
	<h1><a href="[#\#_blog_link_##]" title="[#\#_title_##]">[#\#_title_##]</a></h1>
	<div id="search">
				<s_search><!-- 검색 -->
					<input type="text" class="search_input" name="[#\#_search_name_##]" value="! 검색어를 입력하세요." onFocus="this.value=''" onkeypress="if (event.keyCode == 13) { [#\#_search_onclick_submit_##] }"/>
					<input value="검색" type="submit"  onClick="[#\#_search_onclick_submit_##]" class="btn"/>
				</s_search>
	</div>
</div><!--/header -->

이 부분을 아래처럼 변경하였습니다.

!! 치환자의 경우 ##_치환자_## 는 #\#_치환자_## 로 표시됩니다.!!
<div id="header">
	<h1><a href="[#\#_blog_link_##]" title="[#\#_title_##]">[#\#_title_##]</a></h1>
	<s_search><!-- 검색 -->
		<input type="text" class="search_input" name="[#\#_search_name_##]" value="! 검색어를 입력하세요." onFocus="this.value=''" onkeypress="if (event.keyCode == 13) { [#\#_search_onclick_submit_##] }"/>
		<input type="button" value="검색"  onClick="[#\#_search_onclick_submit_##]" class="btn"/>
	</s_search>
</div><!--/header -->

css 도 변경을 해야 했지요. <div id="search..... 이 부분이 없어졌기에 어쩔수 없이 스타일을 조금 손보았습니다.
스타일은 main.css 에 있습니다. main.css 에 있는 부분을 봐주세요. 
이전에는 아래와 같았습니다.

#search {
    float: right;
    height: 25px;
    padding: 31px 0 0;
	}
#search input.search_input {
    background: url("images/search-bgr.gif") repeat-x scroll center top transparent;
    border: 1px solid #000000;
    float: left;
    padding: 8px;
    width: 285px;
	}
#search input.btn {
    background: url(./images/search-btn.gif) no-repeat; text-indent:-9999px;
    border: 0 none;
    margin: 8px 0 0 -30px;
    padding: 0;
    width: auto;
	}
이것도 마찬가지로 수정을 했습니다. 아래처럼 변경해주세요.

#header{
height: 101px;
margin: 0 0 1px;
position:relative; // 이 한줄이 추가되었습니다.
}
#header input.search_input {
background: url("images/search-bgr.gif") repeat-x scroll center top transparent;
border: 1px solid #000000;
position:absolute;
top:35px;
right:0;
padding: 8px;
width: 285px;
}
#header input.btn {
background: url(./images/search-btn.gif) no-repeat; text-indent:-9999px;
border: 0 none;
margin: 8px 0 0 -30px;
padding: 0;
width: 20px;
height:20px;
position:absolute;
right:10px;
top:33px;
}

그동안 이것때문에 불편을 드렸던 점 죄송합니다. 나름 만든다고 만들었는데 검색부분이 익스플로러에서만 안되어서 참 애먹었네요. 어제 글을 발송하고 안된다고해서 오늘 이걸가지고 씨름했습니다. ㅎㅎㅎ

참고로 적용되어 있는 주소를 알려드립니다. 테스트 해보세요. http://daitda.tistory.com/

참고로 적용되어 있는 html 과 main.css 를 올려드립니다.

 
문제점은 이렇습니다. 
사이드바에서는 <div id="search.....> 식으로 div 로 한번 감싸도 문제가 없는데. 다른곳에서 div 로 감싸면 ie에서만 검색이 되지를 않았습니다.

그래서 div 를 한번 적게 써서 적용을 한것입니다. 이해가 안됩니다. 왜 안되는지???
결론은 문제점은 해결됐다는....